Ő volt a régi klasszikus zene legautentikusabb tolmácsolója, az a muzsikus, akinek mindennél fontosabb volt a művek eredeti értelmezése. Sajátos, egyedi interpretációi másféle hangzást eredményeztek. A barokk zene nagy tisztelőjeként rég elfeledett alkotásokat, operákat és más műfajú darabokat szerettetett meg a közönséggel. Mozart és Beethoven is másképpen hangzott, ahogyan ő vezényelte.
A régi művek nagy felfedezőjeként sok vitája volt, de a csatákat rövidebb-hosszabb idő után rendre megnyerte, bírálói előbb utóbb átadták magukat annak az örömnek, amit az újraértelmezett művek korábbitól eltérő hangzása okozott. A közönség imádta, az igencsak finnyás Bécsi Filharmonikusok örömmel muzsikált vele, s Ausztria számára valóságos sokk volt, amikor decemberben, egy nappal 86. születésnapja előtt nyílt – kézzel írott – levélben búcsúzott közönségétől, lemondva egyben egy aznap esti Bach-koncertet.
1929-ben született, nemesi családban – Johann Nicolaus de la Fontaine d'Harnoncourt-Unverzagt néven. Grazban nőtt fel, majd a második világháború után Salzburgban és Bécsben folytatta zeneakadémiai tanulmányait, itt szerzett diplomát csellistaként. Kedves történetei közé tartozott, ahogyan 1952-ben Herbert von Karajan a Bécsi Filharmonikusok csellista állását neki adta. A próbajátékon még fel sem csendült az első hang, amikor a mester azt mondta: felveszem. Később úgy mesélte, Harnoncourt testtartásából, ahogy belépett, ahogy leült, látta a képességeit.
Már ekkor, a zenekari munka mellett későbbi feleségével, és egy hasonlóan gondolkodó muzsikussal elkezdte kidolgozni a zenetörténeti igazságot szem előtt tartó előadói stílust. Egy évvel később, 1953-ban zenekart alapított, Concentus Musicus néven – az együttes a mai napig sikeresen működik, a levélben lemondott Bach koncerten is ez a zenekar muzsikált – igaz, nélküle. (A programhoz csatolták Harnoncourt búcsúlevelét). A zenekar meghódította világot, a mai napig saját bérletsorozata van a Musikevereinben.
Harnoncourt karmesteri pályafutása 1970-ben kezdődött. A siker sem késett soká: az amsterdami Concertgebouw volt a kezdet, aztán meghódította Berlint, Bécset. Alapelve volt, hogy a klasszikus nagy – néha elkoptatott – műveket is úgy kell előadni, mintha ősbemutató lenne, vagyis újra felfedezni. Tudományos alapossággal kutatta mindazt, ami a művek mélyén rejlik, gyakorlatát elmélettel is alátámasztotta, s erről szívesen tartott előadást, számos könyvet írt. Zeneszerető közönségét mindig meg tudta lepni valami újdonsággal, sőt arra is rávette őket, hogy néha az alig várt koncert előtti beszélgetéseken valóban elgondolkodjanak egy-egy régen ismert zeneszerző újra értelmezésén. Húsz éven át tanított a salzburgi Mozarteumban. Méltósággal tűrte a kritikát – amelynek lényege többnyire az volt, hogy ellenfelei megpróbálták rásütni a bélyeget: nem akar egyebet, csak más lenni.
Aki koncertjeire nem jutott el, felvételeiből tudhatja, mennyire nem igaz a vád, ennél sokkal többet nyújtott. Bach-, Vivaldi-, Monteverdi operák felvételei varázsolták – és varázsolják – el a hallgatót. Sőt. Legutóbb Beethoven 4. és 5. szimfóniáját rögzítették vezényletével, zenekara előadásában – ahogyan maga mondta azzal a céllal, hogy bebizonyítsa: a historikus hangzás demonstrálja egyedül Beethoven hangokba öntött radikalizmusát.
Komolyan vette grazi gyermekkorát, kötődését a Stájer Ősz fesztivál felkarolásával mutatta meg a világnak. Az egyébként az ő szellemében mindig valamilyen radikális gondolatot tematizáló, őszi seregszemlén Harnoncourt rendszeresen vezényelt, jelenléte alaposan emelte a rendezvény rangját. És akkor még nem említettük a nyaranta Grazban megrendezett, kifejezetten az ő számára alapított Styriarte fesztivált, amelyhez ugyancsak mindvégig hű maradt, különösen, hogy ez kimondottan a klasszikus és régi muzsika fesztiválja. Rendszeresen vezényelt Bécsben, a Musikevereinben és az Operában egyaránt, visszatérő fellépője volt a Salzburgi Nyári Fesztiválnak, többször volt az Újévi Koncert karmestere.
Ausztria őszintén gyászolja, a vezető politikusok – köztük az államfő, a kultúráért felelős kancellári miniszter – nyilatkozatai nem mondhatók sablonosnak. Mindannyian tudják, milyen mély nyomot hagyott Ausztria kulturális életén.